你问我不一定答 | 第二期
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Q11. 可不可以用简单的话说明一下,Athena和Artemis分别是做什么呢,Athena最后把我们数据变成什么样了,然后Artemis拟合又是最后变成什么样了?这个处理和拟合是个什么意思呢?
A11:
- Athena是把raw data处理成k空间和r空间。Artemis是把k空间的数据拿去拟合。所以前者处理数据,后者拟合EXAFS。处理的意思就是,让你看到k空间和R空间的数据。拟合的意思就是知道什么样的距离有多少个什么样的原子。
Q12. Artemis拟合一个数据大概需要多久才能完成呢?
A12:
- 取决于你的需求还有你老板的要求。我自己手头有数据几年还没整完的事多了去了;
- 数据拟合是一件很痛苦的事情,我一般都是吃好喝好睡好,
再焚香沐浴之后开始坐下来处理数据; - 参考另外一篇文章《学 XAFS 要多久》。
Q13. 张三拿到一个数据从一开始到完成到底需要什么样的步骤,是所有的数据都要Athena和Artemis双拳出击吗?还是说不同情况不同处理?
A13:
- 不同情况不同处理,始终取决于张三的需求。如果说你只想要 XANES 的对比或者是LCF 那么就没有必要用到 Artemis(only for EXAFS 拟合)。如果说你要 EXAFS 的原子距离和配位数,张三要问拿到的数据是 raw data 还是别人已经给你处理好的 .prj 文件呢?前者需要 Athena 处理,后者直接扔 Artemis (但最好在 Athena 中检查好参数)。
Q14-1: 为什么张三的文献对(一个纯的化合物)同一中心原子拟合使用了不同的E0
A14-1:
- 因为他们菜啊
- 如果说你测的样品里面已经知道了是一个混合物(像50%Mn2O350%Mn),你给两个E0不过分;
- 如果是一个纯的化合物,大家都是从同一个原子跑出来,为什么会有两个E0?
Q14-2: 复合物,类似于核壳结构的,就可能有多个E0吧?
A14-2:
- 我觉得看情况。优先还是先不要用那么多 E0,因为在拟合的过程中,可能要把变量多放在距离或者 DW factor (aka. 2) 上面。
Q15: 要想下载旧版本或是 32 位 Demeter 软件包怎么弄?
A15:
- Demeter 官网 Old Releases 就可以找到上个版本 (0.9.25) 的 32 位版本。.
Q16: 拟合同种金属四配位六配位混合物的第一壳层,变量数很紧张,他们的σ2之间可以建立关联吗?能够假设他们相等或者其他关联吗?还有变量数一定要比independent points小2吗?
A16:
- 如果两种配位形式各自的距离 R 相差不大(比如差值小于 0.15 Å),建议用一条 path 来代表其平均值。如果不能够代替,再考虑用两条 paths 以及对其参数控制;
- 关于 2:可以,这个时候采取对两条 path 的 2 的值控制为一样 (define 12 = 22);
- 除了 2,还可以尝试使 R1 = R2。然而随着固定的变量数量增多,拟合的自由度降低,最终的结果可能不尽如人意,但不妨一试;
- 变量数量 (number of variables) 需要小于 independent poitns 数量的 2/3。
Q17: 信号质量与样品含量有关系吗?比如负载贵金属的催化剂可能负载量很低,这会影响信号强度及质量吗?
A17: 两个问题的答案均是:有,而且关系很大。但是完全可以通过使用不同的实验装置(主要是检测器)来拿到浓度很低的样品数据(到ppm级别)。这个考量比数据处理还要复杂。以后可能讲完软件操作会开始讲实验计划这一块,难度很大。
Q18: 担担面提供的网站链接打不开怎么回事?
A18:
- 网站的服务器垃圾;
- 需要科学上网。
Q19: 多个壳层的path,可以从不同晶体文件里获得吗?
A19:
- 可以。思路以结构类似为准。优先一个晶体能全部拿下,拿不下再换。
Q20: 有些元素,就像你b站视频演示的那个Fe铁的,这种前人做过很多的是不是能找到标准物质的数据呢?那在哪里可以找到这种标准物质的数据呢?
A20:
- 前几天 Matt Newwill 和他实习生的工作:X-ray Absorption Data Library
- 友情提示:只能拿做练习。不可以用作处理自己的数据,包括但不限于 PCA 和 LCF。
感谢你的阅读。