你问我不一定答 | 第一期
(5 min 38 s reading) 这是我目前想到比较合适且自由度较高的一种方式来归纳大家问过的问题。也许你的问题已经有人问过了。
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Q1: 有没有相关书推荐看一下
A1:
- 参考下《安利一些XAFS读物》。
Q2:张三材料在R空间中出峰位置在 1.4 Å,我需要调节 Rbkg 的值吗?如果不调节直接在 Artemis 里面拟合,那个R范围太小了,独立参数不够 4 个,增加 Rmax 的值拟合效果又不好
A2:
- Rbkg 的通常的选择标准是是 1.0 Å 或者是第一层的一半 (1.4 Å /2 = 0.7 Å),很少有大于 1.0 Å 的情况;
- 在 Artemis 里面,Rmin 的选择是受限于 Athena 里面的 Rbkg,也就是 Rmin ≥ Rbkg。例如张三选择了 1.4 Å,他在 Artemis 里只能从 1.4 Å 开始拟合;
- 要解决独立参数不够,需要回到 Athena 里重新设定 Bbkg。然后在 Artemis 里面加载修改过后的数据进行拟合。
Q3. 如果张三现在只有一张归一化以后的 oringi图,没有原始数据。横坐标是Photon Energy 纵坐标是Normatlized intensity(arb. units),但是可以知道每一条曲线的点的具体坐标,这种情况下可以分析吗?
A3:
- 张三可。取出数据保存为 txt,然后到 Athena 里面 import data。Y 轴对 Y 轴,X 轴对 X 轴。把 data type 选为 norm(E);
- 在 Athena 界面中,因为已经加载为 norm(E),无法修改做背景消除和归一化操作,但可以修改 Fourier Transform 的参数。
Q4. 在 Athena 一开始加载原始数据的时候。能量列和分子、分母的模块出现了十几个方框,张三将能量选为 1,分子分母分别选择 I0、It 得到的谱图有非常多的峰,并且看不到明显的吸收边,
A4:
- 由于各个同步辐射实验室的程序不同,它们写入 XAFS 的数据也是会有差别的。所以经常会出现“I0”不是真 I0 的事情,不能完全相信文本里面的标签;
- 最理想的情况是应当询问 beamline 的工作人员或者是采样的人,搞清楚到底哪一列是什么数据;
- 如果第二条无法实现,那么先回想一下这个数据用的是吸收谱还是荧光谱,再回到数据文本里面去寻找 or 猜测。
Q5: 在能量矫正的时候,第一微分图里面第一个峰不是最强峰,那么该选择第一个峰还是最强峰?
A5:
- E0 位置的定义是人为的,所以理论来说这两个地方都可以。到后期做 Artemis 拟合会有修正项。
- 如果第一个峰不是最强的,我猜测是有 pre-edge,那么我个人习惯是不用第一个峰,而是用最强的。因为 pre-edge 是由于 1s-nd 跃迁,而真正的 XANES 是 1s-np 跃迁。
Q6: 那个E0和Calibrate的E有啥区别呢
A6:
- Calibrate Energy 通常是指利用校正一个已知样品的 E0,比如纯金属 (metal foil),从而修正自己未知样品的能量偏移。因为在实验中,能量可能存在偏移。可以类比在 XPS 技术中大家经常用 Carbon 1s 的 284.8 eV 来进行校正。
- E0 理论来讲是样品受到X射线后,内层电子吸收射线后逃逸出的阈值,然而在实际经验中大家是人为在 Athena 里面人为定义这个阈值,也就是 Athena 里面的 E0。完了之后去 Artemis 里面微调。
Q7: FEFF 或者是 Artemis 中的 .inp 文件可以自己进行修改吗?或者自己构建的模型,怎么可以得到相应的 inp 文件?
A7:
- 可。保存为 inp 文件,然后用 notepad 打开直接文本修改。也可以拖到 Originlab 里面直接好给你断列做点加减法;
- 如果想在 Artemis 里面加载自己的模型,最低要求是需要拿到 xyz 文件。利用 Vesta 软件打开,然后保存为 cif 文件格式即可去 Artemis 加载了。
Q8: 张三 DFT计算的 xyz 文件用vesta导出了cif,但是在artemis里运行feff时,显示 you have defined ipot 2 but not used it in the atom list,是为什么呢?2也是中心原子的元素
A8:
- 导出来 inp 文件,用 Excel 或者是 Orginlab 来修改。把 ipot 2 的位置删掉后,再让后面的 ipots 往前推一位。完了再复制回 FEFF 窗口运行就行了;
- 这是一个常见的问题,不要害怕。
Q9: webatom这个网页打不开是因为需要翻墙吗
A9:
- 不,是服务器垃圾。但也许科学上网可以一试;
- 注意上传的文件得放在全英文的路径中。
Q10: 多个壳层的path,可以从不同晶体文件里获得吗?
A10:
- 思路以结构类似为准。先保证结构足够类似,原子距离足够接近;
- 优先一个晶体能全部拿下,那是最好的;
- 如果一个晶体拿不下(常见情况),完全可以取不同的晶体结构,但依然需要满足条件 1。